Обнаружил, что тормоза появляются строго через 15 минут. Первый раз - через 15 минут после запуска программы, и так далее.

15 минут говорите. Известная проблема со времен 2010. Зайдите в активность программ, в категорию "Все". Там раскройте колонку "Программа", чтоб видеть путь и название файлов. Удалите те программы, которые вы запускали единожды, т.е. инсталляторы, всякие временные проги в папках Temp, т.е. всё то, что не находится в Program Files или в WINDOWS. Тромоза пропадут. Этот так называемый HIPS Rescan запускается для проверки не изменилось ли что в рейтинге подконтрольных прог из таблицы.

Главное окно КИС - Вкладка Контроль программ - на ней ссылка "Активность программ" - далее в выпадающем списке выбираете категорию "Все".